碳市场运行机制可以概括为总量设定、配额分配、交易及违约惩罚四个部分：由行政部门或组织设定域内一定周期内的碳排放总量，并将其分配给控排企业；而后，企业可根据自身排放需求，对碳配额进行交易；周期末，企业需上缴与自身排放等量的碳配额，否则将面临罚款等惩罚。此外，企业还可以购买核证减排量（后文详述）以抵消部分上缴需求，但可抵消比例通常不高。

根据流程不同，碳市场可分为一级市场与二级市场：一级市场主要完成总量的设定、碳配额的分配以及核证减排量的备案，二级市场主要进行碳配额和核证减排量的交易。此外，碳市场通常还包括为企业提供各类减排服务（如咨询服务、交易服务）的服务市场，但一级市场与二级市场是碳市场的核心。

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